La documentación más antigua conocida del waterpolo moderno se remonta a finales del siglo XIX y a un hombre llamado William Wilson , un escocés conocido por sus contribuciones al desarrollo acuático. Como entrenador de natación, Wilson desarrolló técnicas revolucionarias en eficiencia y seguridad. Sin embargo, como ingeniero iconoclasta, creó lo que primero se conoció como «fútbol acuático», una forma de fútbol, rugby, lucha y fútbol americano, todo mientras pisaba el agua. El primer juego tuvo lugar a lo largo de las orillas del río Dee en Aberdeen, Escocia. Experimentó una ganancia masiva en popularidad en los años siguientes, y se jugó en toda Gran Bretaña en varias capacidades oficiales poco organizadas. Poco después, en 1885, la Asociación de Natación de Gran Bretaña reconoció oficialmente el juego y formalizó las reglas establecidas por Wilson.
Al principio, los jugadores anotaron plantando la pelota al final del grupo con ambas manos. Un truco favorito de los jugadores era colocar la pelota de goma de cinco a nueve pulgadas dentro de su traje de baño y sumergirse bajo el agua turbia, luego aparecer de nuevo lo más cerca posible de la meta. Si el jugador se acercaba demasiado a la portería, el portero lo saltó rápidamente, a quien se le permitió pararse en la cubierta de la piscina. Los juegos a menudo no eran más que peleas de pandillas en el agua, ya que los jugadores ignoraban la pelota, prefiriendo los combates de lucha bajo el agua que generalmente terminaban con un hombre flotando a la superficie inconsciente.
La introducción del «Golpe Trudgeon» por parte de los jugadores escoceses cambió la naturaleza del waterpolo. Se convirtió en un juego que enfatizaba la natación, la velocidad y los pases. Las reglas escocesas pasaron de una variante de rugby a un estilo de juego de fútbol. Los objetivos se convirtieron en una jaula de 10 x 3 pies y un gol se podía marcar al ser lanzado. Los jugadores solo pueden ser abordados cuando “sostienen” la pelota y la pelota ya no puede ser tomada bajo el agua. La pequeña pelota de goma fue reemplazada por una pelota de fútbol de cuero.
El waterpolo se introdujo en los Estados Unidos en 1888. El juego presentaba el viejo estilo de juego de rugby que se parecía al fútbol americano en el agua. El waterpolo «estilo americano» se hizo muy popular y a fines de la década de 1890 se jugó en lugares como el Madison Square Garden y el Mechanics Hall de Boston, atrayendo a 14,000 espectadores a los juegos de campeonato nacional. Mientras tanto, el resto del mundo adoptó las reglas escocesas: Hungría en 1889, Bélgica en 1900, Austria y Alemania en 1894 y Francia en 1895. En 1900, el waterpolo era tan popular que se convirtió en el primer deporte de equipo agregado al programa olímpico.
A las mujeres no se les permitió competir en los Juegos Olímpicos hasta los Juegos de 2000 en Sydney, donde Australia ganó la medalla de oro, Estados Unidos se llevó la plata y el bronce se fue a Rusia. La primera Copa del Mundo de Waterpolo para mujeres fue celebrada por FINA (el organismo rector del deporte) en 1979, y el primer Campeonato Mundial tuvo lugar en 1982.
